De 2.0 l HDi-motor heeft voortaan een vermogen van 103 kW (ong. 140 pk), 3 kW meer dan de vorige versie. Met een verbruik van 5,6 l/100 km en een verminderde CO2-uitstoot van 150 g/km is hij bovendien zuiniger en milieuvriendelijker. Deze motor voldoet nu al aan de toekomstige Euro 5-norm.

Het roetfilter is inmiddels in alle landen standaard doorgevoerd op de407-modellen met HDi-dieselmotor. Vanwege het zuinige brandstofverbruik en de beperkte CO2-uitstoot (slechts 140 g/km voor de berline en de SW) is vooral de 110pk 1.6HDiF interessant.
Daarnaast is er in diverse landen nu ook een nieuwe 2.0 l Bioflex-motor leverbaar, die werkt op E85-brandstof.